软件与数据处理
把原理落到实操:真实 Cryo-ET 数据要先经过一整套处理,才能用来重构与分析。本库沿这条流水线展开 —— 电影帧与运动校正、金颗粒对齐、CTF 与剂量加权、even/odd 拆分,再到用 IMOD 与 ChimeraX 把数据处理出来、把重构体看出来。
本库文章 7 篇
数据处理总览:从原始帧到三维结构
一张端到端的路线图 —— 从一堆原始电影帧,到一个你能看、能分割的三维结构,每一步用什么、产出什么
电影帧与运动校正
现代探测器拍的是一段电影 —— 对齐帧、加权剂量、再求和,是一切处理的第一步
数据处理:CTF 与剂量加权
对齐与重构之间的预处理 —— 估计并校正 CTF、按剂量加权、反卷积提升低频对比
金颗粒对齐
重构前必须把每张倾转图对到同一三维坐标系 —— 用金颗粒做基准点,或无标记的图块追踪
even/odd 拆分
把数据切成两半噪声独立、信号相同的副本 —— FSC 评分辨率、也支撑自监督去噪
跑训练:自监督修复缺失楔形
用公开工具,把含噪、缺楔形的断层图交给一个无需真值的网络去修复 —— 准备、训练、预测,一步步跑通
ChimeraX 与 IMOD:看 3D 与分割
实际做 Cryo-ET 绕不开的两个工具 —— 用 IMOD 对齐与重构,再跟着教程用 ChimeraX 把你的 MRC 体看出来、出成图,最后把里面的结构一根根描出来。